3代目エスティマは2006年1月のデビュー。先進ミニバンの決定版を目指して開発された。ボディの全長と全幅はわずかに大きくなったが、全高を抑えている。空力特性に優れた先進イメージを持つスタイリッシュな外観デザインは、エスティマが初代モデル以来の伝統とするところだ。ホイールベースの延長で広くなった室内空間は、開放的な造形と機能性の高さが特徴。センター配置のオプティトロンメーターが先進性を強調する。シート配置はセカンドシートが独立した2人掛けの7人乗りと、6：4分割可倒式の3人掛けを採用する8人乗りの設定がある。搭載エンジンは直列4気筒2.4リッターとV型6気筒3.5リッターの2機種。2.4リッターには無段変速のCVTが組み合わされ、新搭載の3.5リッターには6速ATが組み合わされる。ともにマニュアル車感覚の運転操作が可能なシーケンシャルシフトマチックを採用する。S-VSCやインテリジェントAFS、プリクラッシュセーフティ、ワイドビューフロント＆サイドモニター、レーンキーピングアシストなど、各種の先進の安全装備を用意する。カーナビはG-BOOKアルファに対応する大容量のHDDナビがオプションで用意される。2007年6月には3.5リッター車が新試験モード(JC08)で超低排出ガス仕様の認定を受け、一部グレードのメーター色を変更した。2008年12月のマイナーチェンジで前後のデザインを変更したほか、クルーズコントロールの全車標準装着など装備の充実化を図った。
グレードはX、G、アエラスの3グレードが基本で、7人乗り仕様にはそれぞれサイドリフトアップシート装着車が用意される。2008年12月からはアエラスに本革シートなどを採用したレザーパッケージが設定された。Xには2.4リッターエンジンのみが搭載され、Gとアエラスには3.5リッターエンジンも搭載される。8人乗り仕様は2.4リッター車がXとアエラス、3.5リッター車はアエラスのみの設定となる。これらの全モデルで2WDと4WDの選択が可能なので、合計28種類もの豊富なバリエーションを持つ。2007年6月にはXにHDDナビをオプション設定した。2008年12月のマイナーチェンジでは、クルーズコントロールのほか後席確認ミラー、エコインジケーターランプ、前席アクティブヘッドレストなどを全車に標準装備した。ほかにグレードによって快適温熱シートを採用し、2.4リッター車へのS-VSCの採用を拡大した。
